Не могу понять, каким образом программа расставляет номера счетов-фактур и  накладных - ведь они не обязательно следуют к счету, а появляются только после сдачи работ по нему ?

При создании документа номер счета присваивается по порядку. Сразу, по умолчанию, номер накладной и счет-фактуры устанавливается равным номеру счета. Если они Вас смущают - можно их просто стереть. Далее после сдачи работ (получения оплаты, отпуска товара и т.д.) необходимо открыть документ и нажать кнопки перед номером накладной и (или) счета-фактуры. Тогда будут установлены номера для этих документов по следующему правилу:

 - для счет-фактуры: порядковый номер среди проведенных с/ф входящих в журнал учета с/фактур за текущий год. 

 - для накладных: порядковый номер среди проведенных накладных входящих в книгу продаж. После этого документ сохраняется и проводится. 

Все.

И конечно же никто не запрещает ввести нумерацию вручную.

Где можно увидеть стоимость товарного остатка на дату в закупочных ценах ?

Стоимость товарного остатка в закупочных (приходных) ценах на любую дату можно увидеть в отчете "ОПЕРАЦИИ -> Расчет наценки и рентабельности".

Как выполнить операцию сдачи денег из кассы в банк ?

Очень сильно зависит от специфики постановки бизнес-модели предприятия и поэтому могут быть варианты.

Для примера рассмотрим наиболее типичную ситуацию:

"Торговое предприятие реализует товар с оплатой через кассу и в конце дня сдает выручку в банк"

Для реализации такой технологии необходимо:

1. Создавать и проводить кассовые ордера на оплату накладных в течении дня;

2. Добавить в список контрагентов запись с наименованием, например "Выручка в банк";

3. В конце дня рассчитать сумму выручки за день (кнопка "Итого" на закладке "За период" в списке кассовых ордеров);

4. Создать и провести расходный кассовый ордер с предприятия на контрагента "Выручка в банк" на сумму выручки;

Таким образом сумма дневной выручки снимется с кассы ("ВЕДОМОСТИ -> Кассовая книга");

5. Далее необходимо оприходовать данную сумму в банк ("Документы -> Выписки из банка") приходной выпиской от контрагента "Сдача выручки в банк" на предприятие и провести ее;

6. Все. Результат можно увидеть в отчете "ОПЕРАЦИИ -> Расчеты с контрагентами".